Wednesday, January 2, 2013

EUR_AF>0.05 from 1000G release with 1029 genomes

#1. download 

$wget ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/phase1/analysis_results/integrated_call_sets/ALL.wgs.integrated_phase1_v3.20101123.snps_indels_sv.sites.vcf.gz

#2. unzip

$gunzip ALL.wgs.integrated_phase1_v3.20101123.snps_indels_sv.sites.vcf.gz

#3. size?

$wc -l ALL.wgs.integrated_phase1_v3.20101123.snps_indels_sv.sites.vcf.gz

39706744 


#4. Get the variants whose AF>=0.05 in EUR population

$grep -o ".*EUR_AF=\([0-1]\.[0-9]*\)" ALL.wgs.integrated_phase1_v3.20101123.snps_indels_sv.sites.vcf | awk -F'EUR_AF=' '{if ($NF >= 0.05) print}' > body.vcf

#5. Header

$head -n 100 ALL.wgs.integrated_phase1_v3.20101123.snps_indels_sv.sites.vcf | grep '^#'
> head.txt

#6. cat

$cat head.txt body.vcf > 1000g.wgs.integrated_phase1_v3.20101123.snps_indels_sv.sites.EUR_AF_0.05.vcf

3 comments:

  1. Every word this blog helps me to give detail to me.Thank you for such a nice blog.
    vegus168

    ReplyDelete
  2. เลเซอร์หน้าใส เป็นอีกหนึ่งของใหม่ทางความงดงามที่ช่วยฟื้นฟูผิวหนังที่แห้งด้าน บริเวณใบหน้าหมองคล้ำให้กลับมาผ่องใสมองสดชื่น ผ่องแผ้วภายในช่วงระยะเวลาอันเร็ว นับว่าเป็นทางลัดความงดงามที่กำลังเป็นที่นิยมสูง ช่วยเลี้ยงดูผิวให้ขาวกระจ่างขาวสวยใส จากการลดลางเลือนริ้วรอยจุดด่างดำได้อย่างมีคุณภาพ

    เลเซอร์หน้าใส
    เลเซอร์ลดริ้วรอย
    เลเซอร์รอยสิว

    ReplyDelete
  3. ศัลยกรรมจมูก
    จำเป็นต้อง ทำจมูก ด้วยเหตุว่า จมูกเป็นใจกลางของบริเวณใบหน้าอันเป็นตัวบ่งชี้มิติความสวยบนบริเวณใบหน้าของคุณ โดยปกติจมูกที่สวย (Perfect Nose) นั้นจำเป็นจะต้องงาม กลมกลืนตั้งแต่ดั้งถึงปลายจมูก แล้วก็รูปร่างของปีกจมูกที่ประกอบกันได้สวยงามพอดีในทุกมิติของการมอง สิ่งจำเป็นที่สุดของการศัลยกรรมจมูกนั้น เป็นการปรับตกแต่งรูปร่างของจมูก เสริมจมูก เพื่อออกมารับกับบริเวณใบหน้าเยอะที่สุด โดยอยู่บนเบื้องต้นองค์ความรู้ความเข้าใจที่เกี่ยวข้องกับเรื่องสรรพิทยาของจมูก รวมทั้งความชำนิชำนาญของศัลยแพทย์ เพื่อบริเวณใบหน้าของคุณงามเด่นขึ้นมา

    เลเซอร์หน้าใส
    เลเซอร์ลดริ้วรอย
    เลเซอร์รอยสิว

    ReplyDelete